由于咳嗽是许多疾病的一种非特异性症状，临床上进行确诊时必须详细询问病史、全面查体、做胸部X线或CT、气道反应性测定、肺功能、心电图、纤维支气管镜及一些特殊检查以排除一些可以引起慢性、顽固性咳嗽的其它疾病。
1、体格检查
在体格检查中，要首先检查气管的位置：
慢性胸膜炎或慢性脓胸、慢性肺结核、肺不张等疾病会引起气管移向患侧，气胸或大量胸腔积液时气管推向健侧，上腔静脉综合征提示纵隔肿或沟瘤，锁骨上淋巴结肿大者应考虑支气管肺癌，颈部出现皮下气肿时常见于张力性气胸或纵隔气肿引起。
肺一侧叩诊过度反响多见于气胸，两侧过度反响多见阻塞性肺气肿，肺上部叩浊音要注意肺结核，下部叩浊则考虑胸腔积液或肺实变。
听诊双侧干性啰音多考虑慢性支气管炎，肺部任何部位听到局限性温室性啰音，有肺部炎症；局限性肺下部持续存在中等湿性啰音，考虑有支气扩张的可能；肺气肿体征的患者同时有明显心搏者，应考虑肺源性心脏病的存在。
2、实验室检查
实验室检查主要是为了了解痰的量、色、气味及性质，这对咳嗽的诱因检查有诊断意义。
痰中发现支气管管型、肺石、硫黄颗料等，分别对肺炎球菌肺炎、肺结核和肺放线菌病有帮助。痰显微镜下检查发现库施曼螺旋体、夏兰晶体对支气管哮喘症患者有帮助。痰中发现寄生虫卵，可诊断肺吸虫病。发现包囊虫的棘球蚴的头，可诊断肺包囊虫病。找到阿米巴滋养体，可诊断肺阿米巴病等。
痰的细菌学检查（涂片、培养、动物接种）对肺结核 、肺真菌病等有重要意义。
3、器械检查
由于肺脏有良好的天然对比，普通的X线摄片能检查出多数的肺部病灶，根据病灶的部位、范围和形态有时也可确定其性质，如肺炎、肺脓肿、肺囊肿、肺结核、肺癌、尘肺等。对深部的病变则用X线体层摄片，CT.MRI检查，CT扫描的优越性在于横断面图像无影像重叠，能够发现X线胸片未能显示的病灶。
支气管造影可直接诊断支气管扩张的部位、形态，也可音接诊断支气管肺癌。支气管镜可以诊断支气管内异物、支气管内膜结核、支气管肿瘤。纵隔镜可以帮助诊断纵隔肿瘤和发现纵隔淋巴肿大。
