目前疤痕妊娠的发病机制尚未明了，但通常认为可能是受精卵通过子宫内膜和剖宫产瘢痕间的微小腔道着床在瘢痕组织中，其后孕囊由瘢痕组织的肌层和纤维组织包绕，完全与子宫腔隔离。而目前认为，除了剖宫产以外，其他的子宫手术也可形成子宫内膜和手术瘢痕间的微小腔道，比如刮宫术以及子宫镜手术等。
剖宫产手术后子宫瘢痕处内膜与肌层破坏以及瘢痕愈合不良是剖宫产子宫瘢痕妊娠的诱发因素，剖宫产次数增加、臀先露剖宫产以及缝合激素等因素都与瘢痕妊娠的发生有关。
除了剖宫产外，反复的人流、宫腔镜等宫腔操作，子宫肌瘤挖除术、“试管婴儿”等辅助生殖技术都可能让子宫不同程度地受伤，这也会形成子宫内的瘢痕。