巧克力囊肿手术是治疗巧克力囊肿常用的方法之一。巧克力囊肿手术方法包括两种，即腹腔镜手术和开腹手术。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。另外，除了进行巧克力囊肿手术治疗外，还会配合药物治疗。巧克力囊肿手术具体有以下两种：
1、腹腔镜手术：腹腔镜手术就是利用腹腔镜及其相关器械进行的手术，也可在输卵管伞部行造口术，消除伞部积水、粘连、盆腔粘连分离，实施卵巢巧克力囊肿剥除术。腹腔镜手术是本病最佳处理方法，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。
2、开腹手术：开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
不过应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。具体考虑的因素是：
1、症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗。
2、有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术。
3、年轻无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
4、症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。