扁桃体肿大的原因是扁桃体反复发炎。病理上表现为 淋巴细胞、网状细胞增生活跃，扁桃体肥大。小窝粘膜上皮增厚、表面角化过度或形成小溃疡。长期炎症可致扁桃体内小血管闭塞，淋巴组织变性，逐渐为结缔组织代替。
扁桃体红肿大多在机体抵抗力降低时感染细菌或病毒所致，起病急，一般发生于扁桃体炎。病原菌多为溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌。这些细菌通常存在于人的咽部和扁桃腺隐窝内，在正常情况下，由于扁桃腺表面上皮完整和粘液腺的不断分泌，可将细菌同脱落上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。当机体因过度疲劳、受凉、局部受到物理或化学因素的影响后，抵抗力下降时，扁桃腺的血运减少、腺体分泌机能下降，上皮防御能力降低，细菌即乘虚而入，滋生繁殖，致使扁桃腺肿大充血。
扁桃体是免疫器官，上呼吸道急性感染（即感冒）后，扁桃体的特异性防御机制即被激活，变得肿大——这本来是一个好事，有利于人体抗击外来入侵的病毒和细菌。这个时候，如果过用寒凉药物，骤然降温，抑制了人体的免疫功能，就会导致感冒虽然好了，但已经增大的扁桃体却回不去了。如此反复几次，扁桃体就会变得越来越大。
本病的发病机理尚不清楚，但近年来基于免疫学的观点，认为自身变态反应时引起扁桃体发炎的重要机制。