一般肠绞痛的判断标准是：连续3个星期或以上，每星期超过3天，每天3小时以上的无法安慰的哭闹。现实生活中，如果一个健康的孩子无缘无故地哭闹、尖叫或者激动，而且比正常情况下持续的时间长得多，那就可以认定是婴儿肠绞痛。连续婴儿肠绞痛的特点为间歇性的哭闹，这种情形与肠套叠很类似。不同的是，肠绞痛的婴儿，不会呕吐也不会解出含有血丝的黏液便。
诊断需要排除其他疾病，如肠套叠，生下来就很胖的婴儿最容易得肠套叠，得了肠套叠的婴儿多会突然哭闹不安、面色苍白、手足乱动，呈异常痛苦状，过了一会儿，阵痛过去了，婴儿又会安静下来，但静止数分钟后又突然哭闹，如此反复发作，等婴儿疲乏不堪了，哭闹就不如起病时那样剧烈了，间歇期也延长了，病程一旦拖延下来，婴儿有可能仅仅是呻吟或进入嗜睡状态。有部分患上肠套叠的婴儿会有呕吐症状，常在阵发性哭闹开始不久即呕吐，最初吐出的是奶块或其他食物，随后可能会吐出胆汁，甚至吐出粪臭液体。起病后4～12小时后，婴儿还可能会排出血便，呈暗红色黏冻状果酱样。约75%～90%的婴儿还可能腹部有肿块。一旦婴儿持续哭闹后进入阵发性面色苍白、呻吟、烦躁不安或嗜睡状态，或者出现血便应该立即就医。