胃窦炎的治疗一般应采用饮食控制、镇静、抗酸、解痉、止痛等措施，主要是对症治疗。对情绪紧张者，可用小剂量镇静剂。对嗳气、恶心及胃排空障碍 者，可选用胃复安10毫克每日2~3次，也可选用吗丁林20毫克每日2~3次，或西沙必利10毫克，每日2~3次。针对胃窦粘膜炎性病变，可选用麦滋林 -S0.67克，每日3次，连服6~8周。若患者上腹痛伴反酸，可加用泰胃美400毫克，每日1次，连服1个月。或法莫替丁20毫克，每晚1次，连服1月。如慢性胃窦炎的病理诊断有幽门螺杆菌感染，可选用德诺2片，每日3次，连服4~6周，或服用阿莫西林500毫克，每日3次，连服4周。
对螺旋杆菌引起胃窦炎应进行药物治疗。当口服抗菌素治疗某些炎症性疾病时，应同时饮用酸奶，即补充了营养，又避免了抗菌素对人体产生的副作用，因为酸奶 中含有大量的活性杆菌，可以使抗菌素药物引起的肠道菌群失调现象重新获得平衡，同时保护了胃粘膜。平时一定要把握进餐量，不能因喜好的食物而多吃，一定要 少吃多餐，以增进营养，减轻胃部负担为原则，同时要禁忌烟酒。