乳头内陷的病因可由原发性因素和继发性因素导致，其中原发性的发生率高于继发性。原发性乳头内陷即乳房发育畸形，多为双侧发生，主要是在乳头发育后期，乳头芽基部外胚层凹形成乳窝，以后乳房增生间充质的发育停滞，继而形成乳头的内陷。继发性乳头内陷主要是乳头受乳腺内病理组织的牵拉，导致乳头难以突出而形成。
1、原发性乳头内陷病因
(1)乳头及乳晕的平滑肌发育不良。正常情况下，乳头有15～20个输乳管开口，输乳管周围有平滑肌纤维，由于发育因素而造乳头被围绕输乳管和插入乳头真皮的肌纤维束向内。
(2)输乳管发育不全：输乳管是乳头发育的主要指症，如果输乳管发育不全，乳头就难以形成条索状。
(3)乳头基部发育不良：乳头基部起撑托乳头的重要作用，如果这部分发育不良，则乳头难以支撑而内陷。
2、继发性乳头内陷的主要原因
此种情况主要见于继发于乳房的肿瘤、炎症、外伤或乳房手术后瘢痕的牵拉而造成内陷，或是巨大乳房下垂等。