小儿口臭的检查一般包括口腔的检查、消化系统的检查、胃镜的检查等几个个方面，不同的病因引起的小儿口臭，所要做的检查也是不一样的。
1、口腔的检查。当小儿出现口臭的时候，一般建议先去口腔科检查。因为小儿口臭的大部分原因都是口腔疾病和口腔内部坏境引起的。造成口臭最直接的原因是牙垢的堆积、菌斑、牙石和口腔不干净。小儿口腔卫生状况差，牙齿上堆积有菌斑和牙垢，在细菌和微生物的作用下，会慢慢的腐化发酵，进而产生难为的气味，这是小儿口臭的原因之一。除了上面这些表面的原因外，小儿口臭还可能是由口腔中存在沒有治療的齲齿、不良修复体等其他难以看见的口腔疾病引起的。
2、消化系统的检查。口腔是消化道的开端，所以消化功能紊乱、腹泻、肠胃炎、便秘都有可能会引起口臭。检查消化系统是为了确认小儿是否是因为消化不良而引起的口臭。
3、血液或者是胃镜的检查。幽门螺桿菌感染有可能会引起慢性活动性胃炎、消化性潰伤等方面的疾病，并且会伴随有口臭。如果想检查是否是因为幽门螺桿菌而引起的口臭，可以通过检查血液、C13-呼吸实验或者是胃镜检查。
4、鼻腔部检查。鼻腔部因为和空气相近，所以鼻腔部的一些疾病也有可能会引起口臭，例如化脓性的扁桃性体炎、萎缩性鼻炎都有可能会产生口臭。