第一、微波食品产生致癌化合物。曾有研究表明，微波过的肉类会产生致癌物；牛奶、水果、麦片中的氨基酸也会在微波后转化为致癌物；蔬菜中的植物生物碱同样会在微波后转化成致癌物危害我们健康。有些塑料在受热的时候可能会释放出一些有害的成分。美国食品药品管理局（FDA）测定了各种塑料容器在正常微波炉加热中可能释放到食物中的有害物质的量，要求这个量低于动物实验确定的有害剂量的百分之一甚至千分之一，才可以标注为“可微波加热”。所以，对于那些标注为“可微波加热”的合格塑料容器，是相当安全的。如果不放心，还可以使用陶瓷或者玻璃容器。
第二、食物营养严重流失。微波炉烹煮的食物会使蔬菜中的矿物质、维生素及营养成分极大的减少，或转变成致癌物。
第三、身体会暗中产生一定的变化。如荷尔蒙失调，淋巴和消化系统紊乱，血液和免疫力异常，情绪低落、记忆退化，永久性脑损伤，甚至还会引发心脏病。
同时，若微波炉使用不当也会发生安全事故。最常见的以下两类事故：
1，液体过热。微波加热时由于水不流动，只是温度升高，有可能超过了沸点还“不开”，出现过热现象。这个时候的水只要有一点扰动，就会猛烈沸腾，容易发生烫伤事故。越干净的容器和越干净的水，越容易发生这样的事故。
2，鸡蛋爆炸。微波炉不能加热鸡蛋，因为鸡蛋内部过热会产生较大压力，受到到外界干扰，压力释放，可能会发生爆炸。
微波炉对的风险表现在它的加热能力，这种能力作用于人体同样会带来伤害。质量合格的微波炉，通过内部的屏蔽装置来降低泄露出的微波能量。
科学研究找到了对人体产生伤害的最小微波功率，以此制定了微波炉泄漏功率的标准。例如美国的规定是，在距离微波炉大约5厘米的地方，每平方厘米的功率不超过5毫瓦；我国的标准更加严格，是1毫瓦。而且微波的能量是按照距离的平方减弱的。以5厘米处1毫瓦计算，50厘米处就降低到了百分之一毫瓦。因此只要是合格的微波炉产品，使用中没有损坏，就不会泄漏出能够伤害人体的微波。
因为微波是一种辐射，有一种错误的观点认为它会致癌。事实上，微波是一种电磁波，跟收音机和电报所用的电波、红外线、以及可见光本质上是同样的东西。它们的差别只在于频率的不同。微波的频率高于电波，低于红外线和可见光。处于这一频率波段的电磁波是不会致癌的。
虽然同样被称作“辐射”，但微波与跟X光、放射性同位素产生的辐射等是不一样的。后两者属于较危险的电离辐射，而微波属于非电离辐射，二者危险性并不相同。X光虽然也是电磁波，但是其频率比微波高得太多，因而能量也高；而放射性同位素在衰变过程中会放射出粒子，所以它们能让生物体产生癌变。
(1)在使用微波炉之前，小心读清楚制造商随炉附送的使用说明书，认识你的微波炉，并接纳指示。
(2)电源若不足，炉内的光线会显得暗淡，此时若继续使用，会损坏安全保险设备，应立即停止。
(3)微波炉要放置在通风的地方，附近不要有磁性物质，以免干扰炉腔内磁场的均匀状态，使工作效率下降。微波炉应该平放，远离炉火及水龙头。炉后或两侧通风之处切勿盖住，最好与墙壁起码有5厘米（2英寸）的距离，使热气易于散发。还要和电视机、收音机离开一定的距离，否则会影响视、听效果。
(4)微波炉内如无物品，切勿使用。因为发出的微波无法吸收，会反弹回磁控管而加以损坏。家中如有小孩，或为防止一时疏忽而造成空载运行，可在炉腔内置一盛水的玻璃杯。
(5)在使用转盘式微波炉时，盛装食品的容器一定要放在微波炉专用的盘子中，不能直接放在炉腔内。
(6)一定要关好炉门，确保连锁开关和安全开关的闭合。微波炉关掉后，不宜立即取出食物，因此时炉内尚有余热，食物还可继续烹调，应过1分钟后再取出为好。
(7)如微波炉门有凹痕或者有任何损坏致关不牢，不应使用。定期检查炉门四周和门锁，如有损坏、闭合不良，应停止使用，以防微波泄漏。门铰若发觉不妥，立即着人修理。不宜把脸贴近微波炉观察窗，防止眼睛因微波辐射而受损伤。也不宜长时间受到微波照射，以防引起头晕、目眩、乏力、消瘦、脱发等症状，使人体受损。
(8)大部分微波炉在炉腔内的右侧有微波馈入口，一般用云母或塑料片遮挡，必须定期（建议使用微波炉10次左右）用湿布擦洗干净，否则溅在上面的食物残渣易被炭化，引起微波反射，烧坏磁控管。
(9)门缝或开门之处，切勿遗留食物碎屑或油渍，致炉门不能密关。
(10)微波炉宜常保持清洁及干爽，炉内如有水气会减低效能，应尽量拭干。
(1)忌用普通塑料容器：一是热的食物会使塑料容器变形，二是普通塑料会放出有毒物质，污染食物，危害人体健康
(2)忌超时加热：食品放入微波炉解冻或加热，若忘记取出，如果时间超过2小时，则应丢掉不要，以免引起食物中毒。
(3)忌将肉类加热至半熟后再用微波炉加热：因为在半熟的食品中细菌仍会生长，第二次再用微波炉加热时，由于时间短，不可能将细菌全杀死。冰冻肉类食品须先在微波炉中解冻，然后再加热为熟食。
(4)忌再冷冻经微波炉解冻过的肉类：因为肉类在微波炉中解冻后，实际上已将外面一层低温加热了，在此温度下细菌是可以繁殖的，虽再冷冻可使其繁殖停止，却不能将活菌杀死。已用微波炉解冻的肉类，如果再放入冰箱冷冻，必须加热至全熟。
(5)忌油炸食品：因高温油会发生飞溅导致火灾。如万一不慎引起炉内起火时，切忌开门，而应先关闭电源，待火熄灭后再开门降温。
(6)忌将微炉置于卧室，同时应注意不要用物品覆盖微波炉上的散热窗栅。
(7)忌长时间在微波炉前工作：开启微炉后，人应远离微波炉或人距离微波炉至少在1米之外。
(8)忌与其他电器共用同一插座，要用单一电源而且装接了地线的插座。
(9)忌用微波炉暖婴儿的牛奶，因为牛奶热得不均匀时，容易灼伤婴儿。另外会使牛奶的营养成分破坏。
(10)忌用微波炉去烘干衣服或者把硬化的指甲油煮软，以防起火。
(11)忌徒手去移出微波炉内的食物。盛器及盖子加热后往往积聚了蒸气，又会吸收食物的热气，而变得十分烫手，应该用防热手套或垫子，以防灼伤。
（12）不允许无含水食物放置微波炉内而使微波炉工作，这样会导致微波炉损坏。