护照和港澳通行证是两本不同的证件。护照主要是出国专用，可在其他国家证明自己身份的证明，而出国时可停留于香港、澳门。初次申领护照费用200元，补发护照400元/本。成人护照有效期一般为10年，未成年人护照有效期为5年。
港澳通行证则是国内的居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动时所用。往来港澳通行证的费用为100元，而每一个签注为20元，二次往来签注，每个40元，并外加签注加注费20元。
港澳通行证一般有效期为5年，2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，未满16周岁的仍然为5年有效签证。
内地居民往来港澳通行证的签注一般分为6个种类，即个人旅游(G)、探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)、逗留(D)。其中常见的有G签和L签，有效期签注分为3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次这四种。而澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。往来港澳通行证上规定，每个人在香港或澳门逗留不得超过七天，并且一进一出算作一次。以1个月1次为例，并非1年内只能去一次，而是说这个签注的有效期为1年，可以在1年内的任何时间往返一次香港或澳门后，再次申请签注，并且申请的次数没有限制。而如果一年内都没有去的话，则表示该签注过期，可再次申请。