逍遥丸的副作用目前尚不明确，短期服用难以见到效果。一般来说中成药的副作用比较小，对脾胃的伤害相对小一些。在规定的药量下是安全放心的，建议只在月经不顺的时候吃，月经来了后不要吃。同时要注意，是药三分毒，最好的调节月经不顺的方法应该是调理饮食和调整心情。
即使逍遥丸对女性身体调养的功效较大，但也要注意以下的几点。
1. 逍遥丸属于红色OTC(即甲类非处方药，可从药房或药店直接购买；绿色OTC是乙类处方药，较甲类更安全)，最好能在医生或药师的指导下服用。
2. 逍遥丸是舒肝解郁，养血健脾的，对肝郁血虚，脾不健运者，其证见胁痛乳胀，神疲乏力，月经不调，脉弦大而虚的患者可服用。若没有上述情况的则不要乱用，否则会容易引起内分泌失调。
3. 逍遥丸不可长期不间断服用。什么药都有治疗界限和周期，没有长时间吃药的道理，长时间吃药会养成药物依赖，更会导致不良反应或者副作用。