1、卵巢发育和黄体形成缺陷：患者因内分泌紊乱导致卵泡期卵泡刺激素缺乏，卵泡发育缓慢，导致黄体发育不良；卵泡成熟时促性腺激素排卵峰分泌量不足，促进黄体形成的功能减弱，出现黄体发育不全。
2、高泌乳素血症：抑制垂体促性腺激素分泌，亦可直接作用于卵巢，使卵泡发育不全或黄体发育不全。
3、卵泡本身发育不良：卵泡颗粒细胞数目和功能分化缺陷，引起排卵后颗粒细胞黄素化不良及孕酮分泌不足。
4、子宫内膜异位症：患者腹腔液明显增多，影响卵泡成熟，导致黄体功能不全。
5、其他：部分药物诱发排卵反应不足、雄激素水平过高等均可导致黄体功能缺陷。