因滴虫性阴道炎可同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴虫感染，欲治愈此病，需全身用药，主要治疗药物为甲硝唑及替硝唑。
1、全身用药
初次治疗可用甲硝唑2g，单次口服;或替硝唑2g，单次口服。也可选用甲硝唑400mg，每日2次，连服7日;或替硝唑500mg，每日2次，连服7日。女性患者口服药物的治愈率为82%-89%，若性伴侣同时治疗，治愈率达95%。
服药后偶见胃肠道反应，如食欲减退、恶心、呕吐。此外，偶见头痛、皮疹、白细胞减少等，一旦发现应立即停药。
治疗期间及停药24小时内，禁止饮酒，以避免药物和乙醇结合导致出现皮肤潮红、呕吐、腹痛、腹泻等反应。
甲硝唑能通过乳汁排泄，若在哺乳期用药，用药期间及用药后24小时内不宜哺乳。服用替硝唑者，服药后3日内避免哺乳。
2、性伴侣的治疗
滴虫性阴道炎主要通过性行为传播，因此性伴侣应同时进行治疗，治疗期间禁止性交。
3、随访
滴虫性阴道炎治疗后无症状者无需随诊，有症状者需进行随诊。部分滴虫性阴道炎治疗后可发生再次感染，多见于月经后复发，因此治疗后需随访至症状消失。对症状持续存在者，治疗后7日应复诊。对初次治疗失败患者可增加药物剂量及疗程。初次治疗失败者可重复应用甲硝唑400mg，每日2-3次，连服7日。若治疗失败，给予甲硝唑2g，每日1次，连服3-5日。
4、治疗注意事项
有复发症状的病理多数为重复感染，为避免重复感染，患者的内裤及洗涤用的毛巾，应每天进行高温消毒杀菌，可煮沸5-10分钟以消灭病原体，并对其性伴侣进行治疗。