卵巢囊肿根据其症状可将其分为功能性囊肿、子宫内膜炎囊肿以及皮状囊肿(毛囊肿)。
1、功能性囊肿
这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍，也称为生理性囊肿。卵巢滤泡成熟不了而转变成囊肿，但这类囊肿通常会在月经来潮时消失。因此在月经期间或刚过时以超声波检查囊肿是很重要的。处于更年期或更年期之后的妇女是不会有功能性囊肿的。
2、子宫内膜炎囊肿
这类囊肿含有凝固的血块，颜色如巧克力一般，因此也俗称巧克力囊肿。这类囊肿在子宫内膜异位的妇女患者当中较为普遍，属于严重的病例。
3、皮状囊肿(毛囊肿)
这类囊肿通常都是良性的(即非癌细胞)。囊肿里常有头发、牙齿、骨头等混於其中的脂肪状液体。体积通常很小，不呈现任何症状。但如果囊肿变大，则可能引发并发症。