唇腭裂的治疗是一项系列性治疗，缺一不可。唇腭裂可分为：单侧唇腭裂和双侧唇腭裂。目前国内外公认唇裂最佳手术时间为生后3个月就是指单侧唇腭裂的婴儿。腭裂为生后12个月则为双侧唇腭裂的婴儿治疗的最佳时期。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。
在腭裂手术方式的选用方面，原则上是选用那些既能有效恢复腭裂患儿语音，又对上颌骨生长影响作用轻的手术方法。研究表明，与唇裂修复术同期进行的硬腭裂犁骨瓣修复法可以有效减少腭裂的裂隙宽度，使大部分患儿避免或减少了腭裂修复术中，在两侧近龈缘处所做的松弛切口以及将腭黏膜骨膜瓣向中线移动的距离，且未对上颌骨的早期生长产生明显影响。
唇腭裂术后往往伴有不同程度鼻畸形，即裂侧鼻孔扁平、塌陷、鼻尖歪等，应在8岁时做鼻畸形矫正术。另外唇腭裂小孩常有上颌牙齿排列不齐，出现反胎即地包天。应在12岁左右进行牙齿正畸治疗。
唇腭裂的治疗为综合性治疗，需要口腔科、外科、整形外科、儿科以至心理医师的通力合作。爸妈在配合治疗的同时，要做好患儿的喂养、语音训练以及心理矫治，这三方面的配合对治疗患唇腭的孩子来说缺一不可。