胆管闭锁的早期诊断仍十分困难，所使用的诊断方法形式繁多，手段各异，均需结合临床及实验室检查进行综合分析，辅以核素检查、胆道造影及肝穿刺活检。对诊断困难患儿主张早期手术探查。
1、血清胆红素的动态观察：每周测定血清胆红素，如胆红素量曲线随病程趋向下降，则可能是肝炎；若持续上升，提示为胆道闭锁。但重型肝炎并伴有肝外胆道阻塞时，亦可表现为持续上升，此时则鉴别困难。
2、超声显象检查：若未见胆囊或见有小胆囊（1.5cm以下），则疑为胆道闭锁。若见有正常胆囊存在，则支持肝炎。如能看出肝内胆管的分布形态，则更能帮助诊断。
3、99mTc-diethyl Iminodiacetic Acid（DIDA）排泄试验：可诊断由于结构异常所致的胆道部分性梗阻。在胆道闭锁早期时，肝细胞功能良好，5分钟显现肝影，但以后未见胆道显影，甚至24小时后亦未见肠道显影。
4、脂蛋白-X（Lp-x）定量测定：若出生已超过4周而Lp-X阴性，可除外胆道闭锁；如>500mg/dl，则胆道闭锁可能性大。亦可服用消胆胺4g/天，共2-3周，比较用药前后的指标，如含量下降则支持新生儿肝炎综合征的诊断，若继续上升则有胆道闭锁可能。
5、胆汁酸定量测定：最近应用于血纸片血清总胆汁酸定量法，胆道闭锁时血清总胆汁酸为107-294μmol/L，一般认为达100μmol/L都属郁胆，同年龄无黄疸对照组仅为5-33μmol/L，平均为18μmol/L，故有诊断价值。尿内胆汁酸亦为早期筛选手段，胆道闭锁时尿总胆汁酸平均为19.93±7.53μmol/L，而对照组为1.60±0.16μmol/L，较正常儿大10倍。
6、胆道造影检查：ERCP已应用于早期鉴别诊断。
7、肝穿刺病理组织学检查：一般主张作肝穿刺活检，或经皮肝穿刺造影及活检。但肝活检有时能发生诊断困难，甚至错误，有10-15%病例不能凭此作出正确诊断。