1、病原菌
新生儿败血症主要是由大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄菌、克雷白杆菌及B组链球菌感染所致。事实上，病原菌因不同地区和年代而异，我国多年来一直以金黄色葡萄球菌和大肠杆菌感染多见。而B族溶血性链球菌（GBS）和李斯特菌为发达国家新生儿感染常见的致病菌，但国内极少见。
随着呼吸机、广谱抗生素的应用以及极低出生体重儿存活率的提高等原因，使得机会致病菌（表皮葡萄球菌、绿脓杆菌、克雷伯杆菌、肠杆菌、变形杆菌、不动杆菌、沙雷菌、微球菌等），厌氧菌（脆弱类杆菌、产气荚膜梭菌）以及耐药菌株所致的感染有增加趋势。而空肠弯曲菌、幽门螺杆菌等已成为新的致病菌。
2、免疫功能
细菌入侵后是否发展成为败血症，由细菌的毒力、数量、入侵方式、入侵时间、新生儿当时的免疫状态等因素的所决定。
（1）非特异性免疫功能
A.屏障功能差
皮肤角质层薄、黏膜柔嫩、脐残端的创面；胃液酸度低、胆酸少使消化液的杀菌力弱，加上肠黏膜通透性大；血脑屏障功能薄弱楼以上因素都有利于细菌进入。
B.淋巴结发育不全
当淋巴结发育不全时，可缺乏吞噬细胞的过滤作用，不能将感染局限在局部淋巴结。
C.经典补体途径及替代补体途径的部分成分（C3、C5、调理素等）含量低，机体对细菌抗原的调理作用差。
D.中性粒细胞趋化性和粘附性低，备解素、纤维素结合蛋白、溶菌酶含量低，吞噬和杀菌能力不足，影响中性粒细胞吞噬和杀菌能力。
E.单核细胞产生粒细胞-集落刺激因子、白细胞介素等细胞隐私的能力低下。
（2）特异性免疫功能
A.新生儿体内IgG主要来自母体，胎龄越小，其含量越低，因此早产儿更易感染。
B.IgM和IgG分子量较大，不能通过胎盘，新生儿体内含量低，因此易感染革兰阴性菌，也易患消化道及呼吸道感染。
C.T细胞不嫩产生足量的细胞因子，对外特异性抗原的应答差。
D.巨噬细胞、自然杀伤细胞活性低。
3、感染途径
（1）宫内感染：妈妈在孕期有感染（如败血症等）时，细菌可经胎盘血行感染胎儿。
（2）产时感染：产程延长、难产、胎膜早破时，细菌可由产道上行进入羊膜腔，胎儿可因吸入或吞下污染的羊水而患肺炎、胃肠炎、中耳炎等，进一部发展成为败血症。也可因消毒不严、助产不当、复苏损伤等使细菌直接从皮肤、粘膜破损处进入血中。
（3）产后感染：最常见，细菌可从皮肤、粘膜、呼吸道、消化道、泌尿道等途径侵入血循环，脐部是细菌最易侵入的门户。