1、病因治疗：及时选用适当的抗菌药物是治疗的关键。根据细菌培养及药敏试验选用有杀菌作用的抗生素。如G+菌选用青霉素类，产酶菌株选用新青霉素类或第一代头孢菌素、林可霉素等;G-菌选用氨苄青霉素、核糖霉素或第2、3代头孢菌素。在病菌不明确时可选用抗菌谱较宽的药物。重症感染可联合用药，但应注意由此引起的菌群紊乱及二重感染。为尽快达到有效血药浓度应采用静脉途径给药。疗程视血培养结果、疗效、有无并症而异，一般7-14天，有并发症者应治疗3周以上。
2、及病灶清除：局部有脐炎、皮肤化脓灶、口腔粘膜溃烂等应作相应处理，切断感染源。
3、免疫治疗：可直接补充新生儿血中的各种免疫因子及抗体，增强免疫功能，促进疾病恢复。方法包括多次小量输入新鲜全血或血浆，换血疗法，粒细胞输注，以及免疫球蛋白、免疫核糖核酸治疗等。
4、支持疗法：卧床休息，加强营养，补充适量维生素，保证热卡供应。维持水、电解质及酸碱平衡。必要时给予输血、血浆、白蛋白和丙种球蛋白。高热时可给予物理降温。
5、对症治疗：采用物理方法使患儿保持正常体温。发绀时可吸氧。有循环障碍者应补充血容量并用血管活性药物。烦躁、惊厥可用镇静止惊药。有脑水肿时应用脱水剂。
单纯的败血症只要是治疗得当，应该是没有任何后遗症的，日后宝宝会像健康的孩子一样茁壮成长。复杂的败血症，例如合并脑膜炎、坏死性肠炎等，其后果，则视此器官被破坏的程度而有所不同，例如脑萎缩、水脑症、听力障碍、消化吸收不良、营养不足或是长期腹泻等。