上吐下泻发烧主要由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。
1、病毒感染：寒冷季节的婴幼儿腹泻80%由病毒感染引起，以轮状病毒最常见，其次有星状和杯状病毒、肠道病毒，包括柯萨奇病毒、埃可病毒和肠道腺病毒等。
2、细菌感染：大肠杆菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌、沙门菌等。
3、真菌：致腹泻的真菌有念珠菌、曲菌、毛霉菌，小儿以白色念珠菌多见。
4、寄生虫：常见为蓝氏贾第鞭毛虫、阿米巴原虫和隐孢子虫等。
如患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮肤感染或急性传染病时，可由于发热、感染原释放的毒素、抗生素治疗、直肠局部激惹作用而并发腹泻。
滥用抗生素引起的腹泻：长期、大量地使用广谱抗生素可引起肠道菌群紊乱，肠道正常菌群减少，耐药性金黄色葡萄球菌、变形杆菌、绿脓杆菌或白色念珠菌等大量繁殖，引起药物较难控制的肠炎，有学者称之为抗生素相关性腹泻。