如果男性禁欲时间较长，恢复性生活时，会出现精子发黄的现象。排精时间间隔太长，精液中的成份就会发生生理性的变化，就会使得精子发黄，并且此时的精液粘稠度比较高，这就使得精液的活动能力受到了限制 。但是这种情况下会随着性生活的展开而逐渐好转。
如果男性的精液持续发黄，那么问题就比较严重。这是由于生殖系统感染造成的，最常见的疾病就是前列腺炎和精囊炎。
精子畸形症可能也是精液发黄的原因之一。精液中畸形精子超过20%，畸形精子包括头，体、尾的形态异常，或头体混合畸形。精液发黄的原因中还有一部分是精子凝集症。由于存在精子抗体，导致精子自身凝集，通过精子凝集试验和性交后试验均见精子凝集者为精子凝集症，精液发黄的原因须与精液不液化症相鉴别。