1、下腹不适感
为患者未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使囊肿在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致患者有下腹或骼窝部充胀、下坠感。
2、月经不调。大部分的卵巢囊肿都没有明显的早期症状，临床上多表现为小腹疼痛不适，白带增多、色黄、异味。此外，患者会出现月经不调的情况，具体表现为月经周期不规律，月经量增多等。
3、腹部肿块。是卵巢囊肿患者最常见的现象。患者觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大，或在晨间偶然感觉，因而自己按腹部而发现腹内有肿物，加之腹胀不适。患者的小腹内有一个坚实而无痛的肿块，如无并发症或恶变，其最大特点为可动性，往往能自盆腔推移至腹腔，有时性交会发生疼痛。当出现恶心或炎症的情况时，肿物活动受限。
4、压迫症状。随着病情发展，卵巢囊肿会导致压迫症状。巨大的卵巢囊肿可因压迫横膈而引起呼吸困难及心悸，卵巢囊肿合并大量腹水者也可引起此种症状;但有的卵巢肿瘤患者的呼吸困难系由一侧或双侧胸腔积液所致，并且往往合并腹水。巨大的良性卵巢囊肿充盈整个腹腔，使腹腔内压增加，影响下肢静脉回流，可导致腹壁及双侧下肢水肿;而固定于盆腔的恶性卵巢囊肿压迫髂静脉，往往引起一侧下肢水肿。盆腹腔脏器受压，发生排尿困难、尿潴留、便急或大便不畅等现象。
5、阴道出血。恶性卵巢囊肿会导致阴道出血。功能性肿瘤可出现不规则阴道流血或绝经后出血。当囊肿影响到激素分泌时，就有可能会导致女性出现阴道不规则出血以及体毛增多的现象，严重时还会出现持续出血的症状。
6、腹部剧痛。如肿瘤无并发症，极少疼痛。因此，卵巢囊肿患者感觉腹痛，尤其突然发生者，多系囊肿蒂发生扭转，偶或为囊肿破裂、出血或感染所致。此外，恶性囊肿多引起腹痛、腿痛，疼痛往往使患者以急症就诊。
囊肿如发生扭转，可能会导致患者出现严重腹痛、腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。若肿物在短期内生长迅速，患者有食欲不振、消瘦等症状，检查肿物较大，软硬不均，小心可能是良性肿瘤已恶化，应尽早进行手术，之后配合药物治疗。
卵巢囊肿破裂的症状一般有：急性的疼痛，痛觉会慢慢扩展到整个腹部，如果出血增加，可能血压会下降，晕眩，甚至昏倒。
卵巢囊肿有时会产生破裂，而且它破裂的机会比起其它良性或恶性的肿瘤还要高，其它会造成破裂的还包括了畸胎瘤、卵巢上皮囊肿或是子宫内膜异位瘤等等，除此之外，滤泡、黄体也都有可能破裂出血，例如在排卵期产生的腹痛，就是卵巢的滤泡因排卵的关系产生破裂造成血液流到腹腔产生的刺激，是卵巢囊肿破裂症状之一，不过这种疼痛一般是比较轻微而且短时间就可恢复的。
卵巢囊肿破裂还伴有低热或轻度白细胞升高，卵巢囊肿同时伴有明显的腹膜刺激症状，即腹部肌肉紧张、压痛和反跳痛。患者觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大，或在晨间偶然感觉，因而自己按腹部而发现腹内有肿物，加之腹胀不适。
卵巢囊肿根据其症状可将其分为功能性囊肿、子宫内膜炎囊肿以及皮状囊肿(毛囊肿)。
1、功能性囊肿
这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍，也称为生理性囊肿。卵巢滤泡成熟不了而转变成囊肿，但这类囊肿通常会在月经来潮时消失。因此在月经期间或刚过时以超声波检查囊肿是很重要的。处于更年期或更年期之后的妇女是不会有功能性囊肿的。
2、子宫内膜炎囊肿
这类囊肿含有凝固的血块，颜色如巧克力一般，因此也俗称巧克力囊肿。这类囊肿在子宫内膜异位的妇女患者当中较为普遍，属于严重的病例。
3、皮状囊肿(毛囊肿)
这类囊肿通常都是良性的(即非癌细胞)。囊肿里常有头发、牙齿、骨头等混於其中的脂肪状液体。体积通常很小，不呈现任何症状。但如果囊肿变大，则可能引发并发症。