研究表明,在蜂蜜营养成分中酶类尤其是淀粉酶对热极不稳定，蜂蜜保存温度一般要求温度保持在5-10℃。温度过高会使蜂蜜变质，如果在夏天，夏季是高温季节,尤其是6、7、8月份，食物的保存非常重要，为了避免蜂蜜也可以把蜂蜜放入冰箱内冷藏保存,只是蜂蜜结晶有些食用不便。
蜂蜜是一种纯天然的营养品,常吃蜂蜜可以消炎、祛痰、止咳,还能美容养颜和排毒,预防便秘。为了能很好地保存蜂蜜，需要控制好保存的温度，温度过低或者过高，对蜂蜜的保存都有一定的影响。为避免蜂蜜存储环境温度过高导致营养流失，所以蜂蜜保存阴凉的环境。装好的蜂蜜，还要注意存放在干燥、清洁、通风和无味的室内，室温保持在5－10℃，如果没有冰箱，可以密封好蜂蜜后，放在水里或者是木桶里，也能有效保存。
蜂蜜有吸收异味、吸湿及发酵等特性,如果贮藏不善,极易变质。蜂蜜在保存时要做好密封，蜂蜜要密封保存，可以避免蜂蜜吸收空气中的水分而变得很稀或者发酵。这是因为蜂蜜属于糖的过饱和溶液，如果将蜂蜜暴露于空气中，而空气湿度也大的时候，蜂蜜会逐渐吸收空气中的水分，使蜂蜜的含水量增加，导致波美度降低，这就增加了蜂蜜发酵的几率。蜂蜜保存宜放在低温避光处。
但吃蜂蜜新鲜为好，因新鲜蜜一般色、香、味口感较好。