发生秋季腹泻的常见原因有：
1、消化系统不成熟：婴幼儿消化系统发育不成熟，酶的活性较差，但营养需要相对又高，肠道负担重。如果喂养不当，如过多地加喂淀粉类、脂肪类食物，导致成分改变，或者一次进食过多等，都可引起消化功能的紊乱，导致腹泻。
2、免疫功能不成熟：婴幼儿时期的神经系统、内分泌系统、循环系统以及肝、肾功能均未成熟，调节机能较差，免疫功能也不够成熟，当有病原菌随受污染的食物进入体内后，易造成腹泻。
3、轮状病毒感染：婴儿秋季腹泻主要由于轮状病毒感染所引起（致病微生物可随污染的食物或水进入宝宝消化道），这种情况多发生于人工喂养儿，喂养时所用的器皿或食物如不经过消毒或消毒不佳，即有感染的可能。病毒也可通过呼吸道或水源感染，这种情况多发生在8—12月，以10—11月份为最高峰。
4、温差大：秋季气温变化大，忽冷忽热。气候变化引起感冒、腹部受凉以及各种感染也可导致腹泻。