避孕药会影响月经周期。吃了紧急避孕药后约一周左右的时间，有些女性会出现少量的阴道出血的情况。服用避孕药后月经周期被打乱，可能会出现月经提前或月经推迟的情况，之后月经周期重建，慢慢恢复正常。
育龄妇女在月经周期的不同时间内服用避孕药，其对月经的影响也会有所不同。如果是在前半个月经周期内服用，可能对妇女的月经干扰较大，易出现阴道出血;在后半个月经周期内服用则对妇女月经干扰较小。
由于个体差异的不同，服药者对紧急避孕专用药的反应也有所不同。少数妇女在服用后，短时间内会有阴道出血发生，如其出血量与平时月经量差不多，可将其当作一次月经，出血干净后应立即采取常规避孕方法。如出血量很少，则不需要做任何处理，但仍需注意避孕，直到下次月经来潮。
严格按照说明书使用紧急避孕药，一般对人体没有影响，但如果长期或大量服用，可能使月经周期变得不规则，建议不要长期或大量服用紧急避孕药。