1、引起流产。临床上，沙眼衣原体阳性流产率明显高于阴性，这主要是因为沙眼衣原体感染对胚胎可产生严重的损害，而且沙眼衣原体感染导致的子宫内膜炎症也可影响到胚胎健康。
2、早产、胎膜早破。这是由于病菌使促进子宫收缩，及由于上行感染，孕妇出现绒毛膜炎羊膜炎，使胎膜脆弱。
3、低体重儿。沙眼衣原体上行感染会引起胎儿宫内感染，也可导致胎盘功能受损，影响到胎儿的发育。
4、新生儿感染衣原体。很多孕妇沙眼衣原体病毒会传染给新生儿，最早发生于出生后第5天，新生儿感染表现为全身性感染。
5、新生儿感染衣原体性肺炎。这主要是由于医生对分娩情况不了解，用药不合理，造成治疗延误、病程迁延，发展成肺炎。