1、如果在早孕期发现巨细胞病毒感染，可以选择人工流产终止妊娠。也可以等到妊娠20周时，抽羊水检查免疫球蛋白(IgM)。如果检查结果显示阳性，表示羊水已经受到感染，这就表示胎儿可能已经合并感染了巨细胞病毒，此时可以选择中断妊娠进行引产，避免胎儿出生后有畸形情况。
2、如果孕妇在孕晚期感染了巨细胞病毒，或者发现巨细胞病毒已经从宫颈管分离出，可以不做处理。等胎儿足月后，可选择经阴道分娩。但在孕晚期的感染并不能说明胎儿是否有感染的情况，很有可能新生儿尿液中隐藏了巨细胞病毒，最好使用一次性尿布，或用过的尿布做消毒处理。
3、若在乳汁中检测出巨细胞病毒，在产后最好不要母乳喂养，改用人工喂养比较适合。