生殖器疱疹的主要临床表现为生殖器及肝门皮肤处有散在或簇集的小水泡，破溃后形成糜烂或溃疡，并且会感觉到疼痛。同时常常伴有腹股沟淋巴结肿痛，发热、头痛、乏力等全身症状。原发性生殖器疱疹与复发性生殖器疱疹的临床表现和影响也有所不同。
1、原发性妊娠合并生殖器疱疹
通常主要通过性交而传播。潜伏期为2~7日，突然发病，自觉外阴剧痛，甚至影响排尿和走路。检查见外阴多发性、左右对称的表浅溃疡，表皮形成疱疹。10天左右进入恢复期，出现结痂的现象，痊愈之后不会留下瘢痕或硬结。原发性生殖器疱疹的病程可持续20天左右。原发性妊娠合并生殖器疱疹则病程为4周或者更长，与孕妇体内淋巴细胞减少，处于免疫抑制状态、免疫功能低下有关。
2、复发性妊娠合并生殖器疱疹
孕妇在妊娠之前就经常出现外阴复发性疱疹，也有妊娠初期出现疱疹的病例，通常在原发后1～4个月内发生，都是因为已感染单纯疱疹病毒并且潜伏于体内，因妊娠而诱发。全身症状比原发症状轻，常见症状为外阴有2～3个溃疡或水疱，病程短，一周左右自然痊愈。