口腔溃疡的治疗方法包括局部治疗和全身治疗，主要目的是消炎、止痛，促进溃疡愈合。治疗方法较多，根据病情选用：
1、含漱剂：0.25%金霉素溶液，1∶5000氯已定洗必泰溶液，1∶5000高锰酸钾溶液，1∶5000呋喃西林溶液等。
2、含片：杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3、散剂：冰硼散，锡类散，青黛散，养阴生肌散，黄连散等是中医传统治疗口腔溃疡的主要药。此外，复方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促进溃疡愈合作用。
4、药膜：其基质中含有抗生素及可的松等药物。用时先将溃疡处擦干，剪下与病变面积大小相近的药膜，贴于溃疡上，有减轻疼痛，保护溃疡面，促进愈合的作用。
5、止痛剂：有0.5%～1%普鲁卡因液，0.5%～1%达克罗宁液，0.5%～1%地卡因液，用时涂于溃疡面上，连续2次，用于进食前暂时止痛。
6、烧灼法：适用于溃疡数目少、面积小且间歇期长者。方法是先用2%地卡因表面麻醉后，隔湿，擦干溃疡面，用一面积小于溃疡面的小棉球蘸上10%硝酸银液或50%三氮 醋酸酊或碘酚液，放于溃疡面上，至表面发白为度。这些药物可使溃疡面上蛋白质沉淀而形成薄膜保护溃疡面，促进愈合。操作时应注意药液不能蘸得太多，不能烧 灼邻近健康组织。
7、局部封闭：适用于腺周口疮。以2.5%醋酸泼尼龙混悬液0.5～1ml加入1%普鲁卡因液1ml注射于溃疡下部组织内，每周1～2次，共用2～4次。有加速溃疡愈合作用。
8、激光治疗：用氦氖激光照射，可使粘膜再生过程活跃，炎症反应下降，促进愈合。治疗时，照射时间为30秒～5分钟。一次照射不宜多于5个病损。
而对于患上口腔溃疡的孕妇而言，治疗方法则应更安全，适合孕期的特征：
1、首先应进行自我心理调节，去除有害精神因素。情绪不良的人应善于自解烦恼，宽容和善，与人和睦共处，生活乐观。
2、其次是饮食调节。中医认为，要改善复发性口腔溃疡应注意排便通畅、睡眠充足，尤其是大便通畅是复发性口腔溃疡治疗过程中不可缺少的治疗法。应多吃新鲜水果和蔬菜可以清理肠胃，同时由于口腔溃疡也可能因缺乏维生素B2引起，可多吃蔬菜和小麦胚芽，并补充维生素C和锌。
3、少食多餐。饱餐过度与口疮有不解之缘，尤其是消化不良者，应限食或少量多餐。口腔溃疡可能是缺乏维生素引起的，所以多吃富含维生素的食品，不可偏食，多吃蔬菜水果，一定要多喝水，注意营养搭配。 有的口腔溃疡是上火引起的，这时可以煮些梨水（鸭梨加冰糖）或者喝点苦瓜汤。
4、注意保持口腔卫生。早晚刷牙，饭后漱口，已有溃疡者，应用薄荷含片或1／5000的呋喃西林液漱口。
注意：孕妇口腔溃疡不要擅自用药。溃疡散、意可贴都不能轻易使用，服药需遵医嘱。
5、还可用白糖局部敷，留意口腔清洁。
口腔溃疡是不会遗传给下一代，在孕期有口腔溃疡症状的准妈妈也不要担心。应多摄取维生素，多吃水果能有效缓解口腔溃疡。