(1)手术拔甲：在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，由于“治标不治本”，一般不太理想，容易重新感染复发。而且心脏病、高血压、糖尿病等的患者，不宜手术治疗。
(2)内服药物：单纯服用抗真菌药物如灰黄霉素、氟康唑、伊曲康唑(斯皮仁诺)等，有一定疗效，且方便。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代谢又很快，所以用药量大，用药时间长。另外，口服药均有副作用，且停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规治疗药物。
(3)外用疗法：一般宜选外用疗法治疗灰指甲，根据药剂不同，主要有浸泡、局部涂药和封包削治等方法。治疗时需配合去除病甲，故一般没有内服法方便，但却安全、无痛苦、无副作用。只要药剂选用得当，效果较理想。用纯中药药浴疗法(外用)治疗灰指甲(手、足癣)主要成份包括：土茯苓、苦参、白藓皮、僵蚕、全虫、蜈蚣、白花蛇等中草药，采用大剂量、大浓度，每次洗、泡二十分钟以上。采取手足局部整体浸泡的方法进行治疗(一般需浸泡整个甲板)，以达到使药物强力渗透至甲板深部及皮肤角质层，彻底杀灭寄生在甲板角质内以及周围皮肤角质层内所有的真菌，使灰指(趾)甲得到整体治疗而根治，杜绝复发的产生。患有灰指甲的患者在用药十五天到二十天可在指根部长出新甲，持续用药待新甲全部长出，病甲全部剪掉，病患消除得到根治，治疗程中不会产生任何副作用。