1、抗生素治疗
正确选择抗菌素是治疗支原体肺炎成败的关键。支原体肺炎最有效的治疗药物是红霉素类，但由于红霉素可引起较严重的胃肠道反应，可改选其它大环内酯类抗生素如交沙霉素、麦迪霉素、螺旋霉素、白霉素、美欧卡霉素等。新一代大环内酯类抗生素，如罗红霉素、阿奇霉素等由于服药次数少，副作用低，一般需服用2-3周药物，否则容易复发。
2、平喘
对喘息严重者，可选用支气管扩张剂，如氨茶碱口服，4-6mg/（kg·次），每6~8小时1次；或可用舒喘灵吸入等。
3、发热
低热可必处理，体温在38℃以上可用安瑞克等治疗。
4、祛痰
目的在于使痰液变稀薄，易于排出，以减少细菌感染机会。除加强翻身、拍背、雾化、吸痰外，可选用必嗽平、痰易净等祛痰剂。由于咳嗽是支原体肺炎最突出的临床表现，频繁而剧烈的咳嗽将影响患儿的睡眠和休息，可适当给予镇静剂如水合氯醛或苯巴比妥，酌情给予小剂量待因镇咳，但次数不宜过多。
5、中西结合治疗
在服用抗生素的同时应用中医中药疗效更好，因为中药治疗支原体感染不仅是针对支原体，还可调动机体的免疫功能，促进排痰，增强呼吸功能。常用炙麻黄、杏仁、生石膏、黄芩、射干、蝉衣、僵蚕、前胡、沙参等药物配合。
6、其他对症治疗
此外不少患儿，还可能出现呼吸道外症状，如皮疹，肌肉和关节疼痛，肿胀，溶血性贫血、心肌炎、心包炎等并发症，均需做针对性的处理。