五岁以下的儿童一到秋、冬季节，常发生上吐下泻的症状，这种情形大多是轮状病毒引起的肠胃炎。轮状病毒是儿童急性肠胃炎最重要的原因，占了所有小儿肠胃炎的5–10%与腹泻住院儿童的10–50%。感染途径是进食不洁食物或饮用污染的水，或近距离接触病人。
儿童由于缺乏免疫力和相对较差的卫生，感染该病的风险较高，虽然也有大量其它病原可导致儿童肠胃炎，但其发生率明显低于细菌和病毒的致病源。
1、病毒感染
经常导致肠胃炎的病毒包括轮状病毒、诺瓦克病毒、腺病毒和星状病毒。轮状病毒是导致儿童肠胃炎的主要原因，而且遍及全球，不分贫富。70%儿童肠胃炎都是因为受到病毒侵袭，但大部份成年人则因为曾经接触过轮状病毒，所以有免疫能力。
2、细菌感染
儿童的肠胃炎之中，细菌感染占15%；最常见的细菌包括大肠杆菌、沙门氏菌、志贺菌和空肠弯曲菌。
一般此原因感染肠胃炎的儿童是由于进食被细菌污染了的食物而发病的。曾被发现带菌的蔬果和食物包括未煮熟的鲜肉、鸡、海产、蛋、成长中的芽菜、未经消毒的牛奶、软干酪、果菜的榨汁。
3、寄生虫感染
多种原生动物可导致肠胃炎。最常见的是蓝氏贾第鞭毛虫，而阿米巴变形虫和隐孢子虫感染也有报道。作为一类病原，它们约占儿童肠胃炎成因的10%。
4、传染
传染会通过饮用被污染的水，或者共同使用一些私人物品而发生。需要注意的是，使用没有正确消毒的奶瓶喂奶是婴儿感染的一个范围发生传染重要原因。
5、非感染性
非传染性的胃肠炎也有很多因素造成。一些较常见的原因包括： 药物 (像非甾类抗感染药), 食物（如乳糖——在那些无法耐受饿的人群中), 和麸质（在那些患有乳糜泻）。克罗恩氏病也属于非传染性疾病来源（通常很严重的）肠胃炎。
有些植物在生长过程中所产生的毒素，也可以引致胃肠炎，如紫杉、青性的茄属植物、牵牛花及七叶树属植物等，都含毒素，而马铃薯块茎所生的嫩芽，也是有毒的。