引起小儿鼻窦炎的原因很多，以下是最常见的三个原因，主要都是感冒、鼻炎等疾病处理不当，让病情加重从而发展为鼻窦炎。
1 、感冒
这是最常见的原因。小孩平均每年感冒6- 8次，每次感冒有5 -10 %会合并鼻窦炎，而大人只有0.5 -1 % ；当小朋友感冒没有完全治愈的话，就很有可能会变成鼻窦炎。
2 、过敏性鼻炎
因为小儿的过敏性鼻炎多半是遗传所致，因此从小就患有过敏性鼻炎的人非常多，根据统计，父母都有过敏性鼻炎的，小孩约有80 %以上或有过敏性鼻炎，父亲或母亲一方有过敏性鼻炎的，则小孩有50 %会遗传，而小孩的过敏性鼻炎约有50 %会并发鼻窦炎。
3 、免疫功能，鼻窦功能尚未成熟
年纪越小，鼻窦炎的机率就月大；七岁以上，因为免疫功能以及鼻窦功能渐渐趋于成熟，鼻窦炎发生的次数也就越趋减少；这就是为什么小儿感冒容易并发成为鼻窦炎，而大人较不会的原因。