实际上腮腺炎虽然对腮腺体本身无多大危害，但由腮腺炎引起的并发症却常常严重危害孩子的健康，有的甚至会造成男孩终生不育或死亡。其中最常见的并发症有以下几种：
1、脑炎
腮腺炎病毒对中枢神经系统有较强的亲和力，孩子受到腮腺炎病毒感染后，约有1/3会出现脑部受侵害的症状，主要表现为头痛、发烧、恶心、呕吐、颈项强直、嗜睡等。有少数孩子可出现惊厥、昏迷、偏瘫、说话不清、舞蹈样动作。如果病毒侵犯脊髓还可出现四肢瘫痪、肢体感觉消失。病变发生在脑神经还可引起眩晕、耳鸣、口眼歪斜、视物不清等症状。如果化验脑脊液，大约有2/3会出现异常。
有的孩子在腮腺肿大之前先出现脑炎症状，有的孩子脑部症状与腮腺肿大同时出现，还有的是在腮腺肿大消退后2周左右出现脑部症状，少数只发生脑炎症状而无腮腺肿大现象。当然，腮腺炎病毒引起的脑炎绝大多数都能在1O天左右痊愈，个别孩子会发生脑积水甚至死亡。
2、睾丸炎和卵巢炎
睾丸炎和脑炎一样，有时可发生在腮腺肿大之前、之中和之后。主要症状是睾丸疼痛肿胀，用手触摸时睾丸变硬，肿大的阴囊皮肤增厚，皮皱明显减少，鞘膜内也可产生少量积液。全身症状有发烧、寒战、头痛、下腹部痛。如果是右侧睾丸肿大可引起右下腹痛，产生类似阑尾炎样的症状。所幸的是80％左右的孩子为单侧睾丸发炎肿大。双侧同时肿大者，有报导说可能会引起不育。青春期女孩得腮腺炎后可并发卵巢炎，主要表现是腰背痛、月经失调等。症状轻微时不易觉察，不影响受孕。
3、肾炎
腮腺炎病毒可以直接损害肾小球和肾小管，发病多在腮腺肿大消退时出现，只有少数孩子与腮腺肿大同时发生。主要症状是腰痛、小便量减少，有时出现血尿，常有眼皮和下肢水肿。此时测血压，可有血压升高。病程一般需20天左右才能痊愈。
4、心肌炎
在得了腮腺炎时，有的孩子还伴有多汗、面色苍白、心慌、气喘、口周发青、四肢发凉、吐泡沫样痰、不能平卧等症状。这就是腮腺炎病毒侵犯心肌后，引起部分心肌细胞溶解所致的心肌炎症状。查心电图可见明显的心电图改变，个别病情严重的孩子可因心功能衰竭而死亡。
5、胰腺炎
由于腮腺炎病毒对腺体组织的亲和力较强，作为腺体之一的胰腺常不能幸免。当孩子的胰腺受病毒侵犯发炎时，可出现高烧、上腹部疼痛、按压上腹部时疼痛加剧、腹壁紧张，有的孩子有腹泻、恶心、呕吐等症状。病程大约1周左右。
6、腮腺炎病毒性眼病
孩子受腮腺炎病毒感染后，可引起眼部急性炎症，如泪腺炎、结膜炎、角膜炎、虹膜炎等，其中最多见的就是泪腺炎。受侵犯的泪腺发生水肿充血，有时在眼眶上缘外下方可摸到肿大的泪腺。泪腺炎多数与腮腺肿大同时发生，少数孩子可先出现眼部炎症表现，然后再出现腮腺肿大。此病预后良好，只有个别孩子可发生视神经萎缩。
7、腮腺炎病毒性耳聋
感染腮腺炎病毒后，如果病毒侵犯听神经可引起孩子不同程度的耳聋，这种耳聋约有70％为单侧，也有少数双侧同时受损的。耳聋可发生在腮腺肿大之前或腮腺肿大消退之后。发病时孩子有头晕、耳鸣、恶心等症状，较小的孩子常因不善表达被忽视，有的可造成永久性耳聋。