预防自闭症症要从妊娠期开始，因为妊娠和围产期诸多因素造成的大脑损伤与自闭症的发病密切相关。预防止自闭症的出现，进行遗传学辅导及生产过程危险因子的预防。孕前做一个遗传咨询，孕期避免感染麻疹等都市预防儿童患上自闭症的方法之一。
预防该病的重点是加强围产期卫生保健，积极进行优生优育工作。妊娠期病毒感染、先兆流产、出生时窒息和剖宫产都会对幼儿产生影响，母亲妊娠期病毒感染尤其是孕期前3个月病毒感染可导致胎儿大脑发育异常而致儿童孤独症。如风疹病毒、单纯疱疹病毒、流感病毒、巨细胞病毒等均可损害患儿中枢神经而致病。所以孕妇在怀孕期间尤其是怀孕初期要注意不要感染病毒。在分娩时如遇难产时，应尽量避免婴幼儿窒息，以免造成脑损害。在婴儿早期也要注意避免高烧惊厥，多次的高烧惊厥也会造成脑损害。
婴儿应尽可能用母乳喂养，因为母乳中含有丰富的碱性矿物质，有益于孩子智力的发展。较大的儿童应少吃糖，多吃蔬菜、水果、杂粮等碱性食物。注意膳食的酸碱平衡，有益于机体内PH值的相对稳定，使各种代谢功能协调，进而使身心保持良好的健康状态。
孤独症患者往往大脑发育异常，表现为中央性萎缩，第四脑室扩大，小脑蚓部发育不良，脑干变小等。母亲妊娠期病毒感染尤其是孕期前3个月病毒感染可能会导致胎儿大脑发育异常而致儿童孤独症。如风疹病毒、单纯疱疹病毒、流感病毒、巨细胞病毒等均可损害患儿中枢神经而致病。
自闭症又称孤独症。病因一般是由于先天遗传，感染，外伤所引起的脑部神经系统失调导致的发育障碍。自闭症病因不是由父母的养育态度所造成，成因目前医学上并无定论，很可能是多方面的因素造成脑部不同地方的伤害。
至于可能造成自闭症的因素，则有下列几项。
1、遗传的因素：20%的自闭症者中，他的家族可找到有智能不足、语言发展迟滞和类似自闭症的。此外，自闭症男童中约10%有染色体脆弱症。
2、染色体变异：自闭症是一种严重的神经发展障碍，已有许多染色体变异造成自闭症的相关研究。美国小儿科学会(2000)在伊利诺召集各领域的专家检视当前研究报告，结论：自闭症的原因复杂，约有十个基因与自闭症有关。
第2、19对——亚斯伯格症、典型自闭症。
第4、10对——高功能自闭症女童。
第13对——可能低功能自闭症。
第15对——出现最多典型自闭症。
第17对——亚斯伯格症、两眼距离过长、多指症、没有痛觉。
第23对—— x 染色体脆弱症与自闭症有关。
PKU是基因引起代谢失调的症状，此症可能造成智能不足及自闭症。
结节性硬化症(Tuberous sclerosis)是一种显性基因遗传。研究指出：约39%约结节性患者是自闭症，而此自闭症者中九成是中度智障。
神经纤维瘤(neurofibromatosis)也是基因造成，它也是是自闭症的原因之一。
2、怀孕期间的病毒感染：女性怀孕期间可能因麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎儿的脑部发育受损伤而导致自闭症。
3、新陈代谢疾病：如苯酮尿症等先天的新陈代谢障碍，造成脑细胞的功能失调和障碍，会影响脑神经讯息传递的功能，而造成自闭症。
4、脑伤：包括在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成大脑发育不全，生产过程中早产、难产、新生儿脑伤，以及婴儿其因感染脑炎、脑膜炎等疾病造成脑部伤害等因素，都可能增加自闭症机会。