引起手足口病的病原体主要为小RNA病毒科、肠道病毒属的柯萨奇病毒A组的2、4、5、7、9、10、16型等，B组的1、2、3、4、5型等；肠道病毒71型；埃可病毒等。其中以肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型较为常见。
肠道病毒适合在湿、热的环境下生存与传播，对乙醚、去氯胆酸盐等不敏感，75%酒精和5%来苏亦不能将它灭活，但对紫外线和干燥敏感。各种氧化剂（高锰酸钾、漂白粉等）、甲醛、碘酒都能灭活病毒。病毒在50℃可以被迅速灭活，但1mol浓度二价阳离子环境可以提高病毒对热灭活的抵抗力，病毒在4℃可以存活1年，在-20℃可以长期保存，在外环境中病毒可以长期存活。