很多人担心五联疫苗的安全性问题，害怕孩子接种后会受不了。其实五联疫苗绝不是简单地将几种疫苗随意混合而成，它考虑了各种抗原组合的可溶性、物理兼容性、抗原稳定性以及使用中的免疫程序和不良反应等问题。
研究人员在全球范围内对多联疫苗和传统疫苗的比较做了大量研究，表明多联疫苗除了能够达到与相应传统疫苗相同或更好的预防效果之外，其安全性甚至更好。
五联疫苗在9个国家以5种不同的接种程序共进行了12项临床试验，研究结果都证实了儿童五联疫苗是一种安全、有效的疫苗。接种儿童五联疫苗和分别接种脊髓灰质炎、百白破和Hib疫苗相比，安全性和有效性都是相当的。而2009年在中国进行的临床试验更证明了儿童五联疫苗也同样适合中国宝宝。