羊水穿刺一般不会太疼，但也因人而异，有些准妈妈对疼痛比较敏感，或者比较紧张，可能就会觉得有疼痛感。
羊水穿刺过程不需要麻醉，因为注射麻醉药的疼痛可能会比羊水穿刺本身还要强烈。多数准妈妈在刚刚刺入时只会感觉轻微疼痛，类似于刺手指取血的痛感，是可以承受的痛感。不必担心会对胎儿造成伤害，在这个过程中，医生会在B超监控下小心避开胎儿。
由于不使用麻药，有些准妈妈在羊水穿刺时可能会感觉到腹部有点儿紧，或是有刺痛或压迫感，有些准妈妈可能会感觉不到任何不适，是否感觉到疼痛需视乎个人情况而定。
羊水穿刺是在B超引导下进行的，医生会选择羊水丰富且不伤及胎儿的位置进行穿刺，因此一般情况下它是十分安全的。
随着科技和临床技术水平不断提高，目前羊水穿刺的安全系数已经大大提高。以准妈妈们最为关心的流产为例，上世纪文献报道其流产率约为0.5%(1/200)[3]，近年来有文献报道它导致的流产率仅为1/1600。但作为一项侵入性检查，谁也无法保证羊水穿刺一定不会对胎儿及准妈妈造成任何影响。另外羊水穿刺的主要并发症包括出血、感染、羊水漏、呼吸窘迫、早产、胎儿损伤、流产等。
羊水穿刺并发症
1、血液传染：有一定的几率使准妈妈和胎儿的血液接触，当发生接触时，如果准妈妈的的血液为Rh阴性，并且胎儿的血液为Rh阳性时，会出现危险。
2、感染：如果准妈妈存在感染，那么羊水穿刺过程中可能把细菌带入羊膜囊内，感染能够引起高热、子宫收缩和或腹部疼痛等问题，但是这种情况非常罕见。
3、破水：发生率1%，会在几天内自行愈合。
4、羊膜腔炎：发生率0.1%，会引起下腹痛、发烧等症状，极容易早产。
5、阴道出血：发生率2%-3%，几天内会自行好转。
6、胎儿刺伤：在超音波的引导下绝少发生，偶尔胎儿会突然动一下，医生多能立即避开，如果不慎刺伤也不会有太大影响，会自行愈合。
7、呼吸窘迫：有少数研究发现，接受过羊水穿刺的胎儿，在出生后较易有呼吸窘迫的问题，发生率为1.1%，未接受过羊水穿刺的胎儿则为0.5%。
羊水穿刺要空腹吗
一般羊水检查不需要空腹，因为羊水上的活细胞、清液等不受饮食的影响，但最好上午就去，因为挂号之后不能马上做穿刺，需要做一些检查，比如测体温、听胎心、B超等，以确定胎盘位置、胎儿情况、羊水情况等，需检查之后再决定是否实施穿刺。
羊水穿刺注意事项
1、若术前3-7天有感冒、发热、皮肤感染等异常情况，请在术前登记时告知医生。
2、如有过敏史，特殊疾病史和其他需要说明的情况，请在术前登记时告知医生。
羊水穿刺后注意事项
1、术后至少静坐休息2小时后，方可乘车回家;外地病人当晚最好能在医院的旅馆附近休息，隔天后再回家，避免术后过于劳累。
2、术后要注意多休息，避免剧烈运动以及搬运重物等体力劳动。
3、术后三天里如有腹痛、腹胀、阴道流水、流血、发热等症状，应速到医院妇产科就诊。