一般认为B超是一种非侵入性的、对受检者无损害的检查，特别是相对于X线、核磁共振等检查仪器来说，B超对人体是较为安全的。但超声波毕竟也是一种能量形式，达到一定剂量时受检者体内会产生生物效应，使发生生物效应的局部细胞受到损害。
国外已经有资料证明B超对胎儿有损害。有专家选择怀孕7―8周并准备做人流的妇女，按其做b超检查时间长短分为1分钟、3分钟、10分钟3个组进行对照观察。结果发现，做B超检查之前，这些孕妇体内的胚胎发育都很好；而做了B超检查以后，除1分钟的5例无变化外，其余的胚胎的绒毛发生了变形，表现细胞排列紊乱，细胞内出现泡状结构，进一步的发展还可使胎儿畸形或发生流产。很明显，B超对胚胎照射的时间越长造成的不良影响就越大。
在人体的多数器官中，损伤几个细胞无关紧要，但如果是损害了生殖细胞或处于发育敏感阶段的胚胎，则其后果是严重的。所以，孕期做B超尽量不要超过3次。早孕期间做妇产科B超对新生儿有一定影响，而妊娠中晚期做过妇产科B超的新生儿未见不良影响。因此，早孕期的妇产科B超检查应该谨慎使用。